電泳槽是凝膠電泳系統(tǒng)的核心部分，其系統(tǒng)的迅猛發(fā)展主要也是體現(xiàn)在電泳槽上。根據(jù)電泳的原理，凝膠都是放在兩個緩沖腔之間，電場通過凝膠連接兩個緩沖腔。緩沖液和凝膠之間的接觸可以是直接的液體接觸，也可以間接通過凝膠條或濾紙條。管狀凝膠電泳和垂直板狀電泳大多采取直接液體接觸方式。這種方式可以有效地使用電場，但在裝置設計上有一些困難，如液體泄漏，電安全和操作麻煩等問題。水平板狀電泳槽大多通過間接方式，用濾紙橋搭接 以及最近使用緩沖液制作的凝膠條和濾紙條搭接，即半干技術，后種方式使裝置簡化，操作也大大方便。
那么在清洗電泳槽之前，首先有兩點需要注意。第一點是陽極電解槽和陽極管罩在清洗時不應安裝上，第二點是應先將超濾系統(tǒng)關閉。
清洗步驟說明
1）使用檢漏中所使用的水將電泳槽重新灌滿；
2）加入堿性脫脂劑（如：氫氧化鉀），濃度約為1.5-2.0%，pH為12.0-14.0；
3）啟動循環(huán)泵，使溶液循環(huán)24小時；
4）在24小時的循環(huán)中，使所有的閥門啟、閉數(shù)次，這樣可使閥門中所可能積存的碎屑雜物去除掉；
5）在脫脂液循環(huán)24小時后，將它轉移到下一個需要清洗的最大的浸漬槽中。在脫脂液泵送出電泳槽時，隨著溶液液面的降低，要用自來水沖洗槽壁，泵的堰箱的箱壁也要用自來水沖洗。沖洗后排空電泳槽中的液體到浸漬槽中作清洗用；
6）用新的自來水將電泳槽再次注滿；
7）開動循環(huán)泵；
8）用醋酸將槽中水的pH調整到6.0-7.0，將調整好pH的水循環(huán)24小時。循環(huán)后的水也要像以前脫脂清洗溶液一樣依次利用作清洗以后的各槽；
9）將調節(jié)好pH的水依次轉移入其余各槽作清洗；
10）在將調節(jié)好pH的水泵送移出電泳槽時，隨著液位的降低，要用自來水沖洗槽壁，泵的堰箱的箱壁也要用自來水沖洗。然后，排空電泳槽中的水到其它浸漬槽中作清洗用；
11）向電泳槽的泵的堰箱中灌注去離子水，啟動泵，用去離子水沖洗管道，將此步驟重復3-4次。
12）將其它浸漬槽和噴淋槽重復上述各清洗步驟，同時要依次清洗好浸漬水洗、噴淋水洗、涂料輸送系統(tǒng)、涂料貯槽、超濾貯箱等的清洗；
13）在作完所有槽子和系統(tǒng)的清洗后的脫脂液和調整pH的水要送到廢水處理系統(tǒng)作廢水處理；
14）檢查去離子水的電導，如果低于25us/cm，取水樣作檢查（縮孔試驗）批準，確認系統(tǒng)是否已清洗干凈，最后準備補加涂料至電泳槽內。
